Die Entstehung des Pino Pascali Museums geht auf das Jahr 1998 zurück, nachdem eine bedeutende Sammlung seiner Werke und Erinnerungsstücke von der Familie des Künstlers stammte. Im Jahr 2010, mit der Beteiligung der Region Apulien und der Gemeinde Polignano a Mare, wurde das Museum zur Pino Pascali Stiftung. Das derzeitige Hauptquartier ist ein ehemaliger restaurierter städtischer Schlachthof mit Blick auf das Meer.
Die Aktivitäten der Stiftung basieren auf der Figur von Pino Pascali, einem der wichtigsten Vertreter der italienischen und internationalen zeitgenössischen Kunst der 1960er Jahre, der im Alter von 33 Jahren in Rom starb. Pascali war ein grundlegender Bezugspunkt für die Entwicklung der Ausstellungsaktivitäten des Museums. Die Stiftung verfolgt das Ziel, eine möglichst vielseitige Vision von Kunst zu bieten, die der aktuellen avantgardistischen Sprachforschung entspricht. Neben einer Fülle von Werken von Pino Pascali zeigt das Museum Stücke der bedeutendsten apulischen Maler und Werke der siegreichen Künstler des Pino Pascali-Preises.
Die ständige Sammlung und die Wechselausstellungen geben der Öffentlichkeit ein kulturelles Angebot, das den höchsten Standards der Museen in der Welt entspricht, so dass es im Jahr 2013 als beste Stiftung für zeitgenössische Kunst in Italien den ersten Platz erhielt.