La création du Musée Pino Pascali remonte à 1998, suite à une dotation importante de la famille de l'artiste de ses œuvres et souvenirs. En 2010, avec la participation de la région des Pouilles et de la municipalité de Polignano a Mare, le musée est devenu la Fondation Pino Pascali. Le siège actuel est un ancien abattoir municipal restauré surplombant la mer.
Les activités de la Fondation sont basées sur la figure de Pino Pascali, l'un des plus importants représentants de l'art contemporain italien et international dans les années 1960, décédé à l'âge de 33 ans à Rome. Pascali a été un point de référence fondamental pour le développement des activités d'exposition du musée. La Fondation vise à offrir la vision la plus éclectique possible de l'art, en accord avec les principales recherches linguistiques d'avant-garde du moment. En plus de l'abondance des œuvres de Pino Pascali, le musée expose des œuvres des plus grands peintres des Pugliese et des œuvres des artistes lauréats du Prix Pino Pascali.
La collection permanente et les expositions temporaires offrent au public une offre culturelle qui répond aux normes muséales les plus respectées dans le monde, à tel point qu'elle a reçu la première place en tant que meilleure fondation d'art contemporain en Italie en 2013.