Kołomienskoje jest jednym z najstarszych zamieszkałych miejsc w granicach Moskwy. Zabytki archeologiczne, które są rozsiane po okolicy, pokazują, że ludzie żyli tu w epoce kamienia. W XVI wieku wzniesiono tu uroczystą rezydencję wielkoksiążęcą, a za panowania Michaiła Fiodorowicza Kołomienskoje stało się ulubioną letnią rezydencją panującej dynastii.
Następnie rezydencja w Kołomienskoje została przekształcona w „Kreml pod Moskwą”, z powodu prac kierowanych przez cara Aleksieja Michajłowicza. Po jego śmierci znaczenie rezydencji Kołomienskoje stopniowo malało. Peter I rzadko odwiedzałem ulubioną posiadłość ojca. 14 maja 1724 r., w święto Wniebowstąpienia, cesarz Piotr I odwiedził Kołomienskoje po raz ostatni.
W drugiej połowie XIX wieku zakończyło się życie dworskie w Kołomienskoje. W latach 1913-1916 rozpoczęły się pierwsze prace restauracyjne zabytków Kołomienskoje, a dzięki staraniom wybitnego architekta konserwatorskiego Piotra Baranowskiego w 1923 r. zorganizowano tu muzeum.
Do unikalnych eksponatów Kołomienskoje należą zabytki architektury drewnianej z XVII-XVIII wieku. Najpopularniejszym budynkiem współczesnego Kołomieskoje są komnaty carskie, lepiej znane jako dom Piotra I i Kościół Wniebowstąpienia Pańskiego, najstarszy pomnik dworu carskiego w Kołomienskoje.