La Cripta del Santuario è il cuore della storia di Santa Maria del Monte e sarà possibile visitarla eccezionalmente anche nel periodo natalizio. All'interno vi sono i resti della prima chiesa edificata sul monte e affreschi tre-quattrocenteschi che decorano le pareti, oltre ad importanti testimonianze archeologiche che testimoniano l'antichità del culto e del luogo. La visita consentirà inoltre di conoscere i lavori di restauro e le soluzioni ingegneristiche adottate per la riapertura al pubblico avvenuta nel 2015, nonché di ammirare la più antica "Natività" di Santa Maria del Monte.
Il biglietto comprende anche l'ingresso al Museo Baroffio, dove sono conservati autentici capolavori dell'arte lombarda, dal Medioevo al Settecento, dipinti fiamminghi e olandesi donati da Baroffio, e opere di alcuni protagonisti dell'arte europea del Novecento, come Henri Matisse e George Rouault.
Grazie alla sala a tema mariano, voluta da monsignor Pasquale Macchi con oltre sessanta opere di noti artisti del Novecento, uno sguardo speciale ad autori che hanno lavorato anche al Sacro Monte come Renato Guttuso, Floriano Bodini, Enrico Manfrini, e Trento Longaretti si offre. La terrazza privata del Museo offre un'ampia vista del panorama.