Krypta Sanktuarium jest sercem historii Santa Maria del Monte i wyjątkowo będzie można ją odwiedzić także w okresie świątecznym. Wewnątrz znajdują się pozostałości pierwszego kościoła zbudowanego na górze oraz XIV-XV-wieczne freski zdobiące ściany, a także ważne dowody archeologiczne świadczące o starożytności kultu i miejsca. Wizyta pozwoli również zapoznać się z pracami konserwatorskimi i rozwiązaniami inżynierskimi przyjętymi do ponownego udostępnienia zwiedzającym w 2015 roku, a także podziwiać najstarszą „szopkę bożonarodzeniową” Santa Maria del Monte.
Bilet obejmuje również wstęp do Muzeum Baroffio, w którym zachowały się autentyczne arcydzieła sztuki lombardzkiej od średniowiecza do XVIII wieku, obrazy flamandzkie i holenderskie podarowane przez Baroffio oraz dzieła niektórych bohaterów sztuki europejskiej XX wieku, takich jak Henri Matisse'a i Georgesa Rouaulta.
Dzięki sali o tematyce maryjnej, upragnionej przez prałata Pasquale Macchi, z ponad sześćdziesięcioma dziełami znanych artystów XX wieku, szczególne spojrzenie na autorów, którzy również pracowali w Sacro Monte, takich jak Renato Guttuso, Floriano Bodini, Enrico Manfrini i Trento Longaretti są oferowane. Prywatny taras Muzeum oferuje szeroki widok na panoramę.
Bilet wstępu do krypty i Muzeum Baroffio