La Cripta del Santuario es el corazón de la historia de Santa María del Monte y será posible visitarla excepcionalmente también durante el período navideño. En su interior se encuentran los restos de la primera iglesia construida en la montaña y frescos de los siglos XIV-XV que decoran las paredes, así como importantes evidencias arqueológicas que dan testimonio de la antigüedad del culto y del lugar. La visita también permitirá conocer los trabajos de restauración y las soluciones de ingeniería adoptadas para la reapertura al público ocurrida en 2015, así como admirar el "Nacimiento" más antiguo de Santa María del Monte.
La entrada también incluye la entrada al Museo Baroffio, donde se conservan auténticas obras maestras del arte lombardo, desde la Edad Media hasta el siglo XVIII, pinturas flamencas y holandesas donadas por Baroffio, y obras de algunos protagonistas del arte europeo del siglo XX, como Henri. Matisse y Georges Rouault.
Gracias a la sala de temática mariana, deseada por Monseñor Pasquale Macchi con más de sesenta obras de reconocidos artistas del siglo XX, una mirada especial a autores que también han trabajado en el Sacro Monte como Renato Guttuso, Floriano Bodini, Enrico Se ofrece Manfrini y Trento Longaretti. La terraza privada del Museo ofrece una amplia vista del panorama.