La Crypte du Sanctuaire est le cœur de l'histoire de Santa Maria del Monte et il sera possible de la visiter exceptionnellement également pendant la période de Noël. A l'intérieur, on trouve les vestiges de la première église construite sur la montagne et des fresques du XIVe-XVe siècle décorant les murs, ainsi que d'importants témoignages archéologiques qui témoignent de l'ancienneté du culte et du lieu. La visite permettra également de connaître les travaux de restauration et les solutions d'ingénierie adoptées pour la réouverture au public intervenue en 2015, ainsi que d'admirer la plus ancienne "Nativité" de Santa Maria del Monte.
Le billet comprend également l'entrée au musée Baroffio, où sont conservés d'authentiques chefs-d'œuvre de l'art lombard, du Moyen Âge au XVIIIe siècle, des peintures flamandes et hollandaises offertes par Baroffio et des œuvres de certains protagonistes de l'art européen du XXe siècle, comme Henri Matisse et Georges Rouault.
Grâce à la salle à thème marial, voulue par Monseigneur Pasquale Macchi avec plus de soixante œuvres d'artistes bien connus du XXe siècle, un regard particulier sur des auteurs qui ont également travaillé au Sacro Monte tels que Renato Guttuso, Floriano Bodini, Enrico Manfrini, et Trento Longaretti est offert. La terrasse privée du Musée offre une large vue sur le panorama.
Billet d'entrée à la crypte et au musée Baroffio